Se puede asignar mediante línea de comandos la imagen que se va a usar como icono de una carpeta. Hay dos formas de hacerlo, en función de la versión de GNOME que se trate.
En las versiones más nuevas se usa el comando gio:
gio set "${path}" "metadata::custom-icon" "${imagen}"
Mientras que las versiones más viejas se hacía con gvfs-set-attribute:
gvfs-set-attribute "${path}" "metadata::custom-icon" "${imagen}"