Recientemente en GEdit 3 me ha desaparecido la opción de personalizar la codificaciones de caracteres para intentar abrir ficheros de texto que estaba en el cuadro de diálogo de abrir o de guardar ficheros.
No queda más opción que configurarlo en línea de comandos con GSettings:

gsettings set org.gnome.gedit.preferences.encodings candidate-encodings \
 "['CURRENT','UTF-8','WINDOWS-1252','ISO-8859-15','ISO-8859-1','UTF-16']"